Programmé en UVF4B403
Présentation :
L'analyse des séquences protéiques ou d'ADN est intensivement utilisée pour des problèmes biologiques comme la reconnaissance de gènes ou la création de puces à ADN. La résolution de ces problèmes passe essentiellement par une utilisation intensive de l'ordinateur, que ce soit pour extraire les motifs communs dans plusieurs protéines (pour découvrir leur fonction commune) ou pour retrouver dans une base de données des gènes similaires dans d'autres organismes déjà étudiés.
Outre l'intérêt biologique, ces problèmes biologiques peuvent être retranscrits en problèmes mathématiques nouveaux et intéressants, tant au niveau algorithmique (être le plus rapide possible) que théorique (NP complétude des problèmes rencontrés).
Objectifs (obsolète):
L'objectif de ce cours est de dresser un panorama des différentes méthodes et pratiques de la bio-informatique via l'analyse de séquences biologiques.
On verra ainsi comment modéliser une séquences biologique, la comparer à une ou plusieurs autres, en extraire des mots pertinents et enfin recontruire l'histoire évolutive de séquences.
À la fin de ce cours, les étudiants auront vu le vocabulaire, les grandes problématiques de la bio-informatique ainsi que les outils pour les résoudres.
Volume horaire :
21h
Contenu détaillé :
L'organisation du cours est :
cours 1) Cours d'introduction à la problématique de la bio-informatique du point de vue d'un biologiste (cours effectu par O. Collin du CNRS Roscoff)
cours 2) Analyse d'une séquence biologique (type, modèles statistique, reconaissance d'un mot, ...)
cours 3+4) Comparaison de 2 séquences biologiques, théorie et pratique
cours 5) Modèles d'évolution des séqueces, distance d'évolution
cours 6+7) recontruction phylogénétique
Année 2006/2007
Dernière mise à jour le 14-DEC-06
Validation par le responsable de programme le
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